在海南自由貿易港的政策制度體系中，特殊的稅收制度被賦予了更重要的地位。
中共中央、國務院印發了《海南自由貿易港建設總體方案》(下稱《總體方案》)，《總體方案》明確提出，以特殊的稅收制度安排、高效的社會治理體系和完備的法治體系為保障，在明確分工和機制措施、守住不發生系統性風險底線的前提下，構建海南自由貿易港政策制度體系。
“海南自由貿易港的開放力度，超出了預期。”上海財經大學教授胡怡建說，在當前一些逆全球化聲音中，中國要進一步加大全球化的進程。尤其是要以特殊的稅收制度來加大中國開放力度，提升競爭力。
華中科技大學教授、光谷自貿研究院院長陳波也認為，這是中國對外開放的一個里程碑，提出了一些實質性的開放突破。
以零關稅為基本特征
海南自由貿易港提出的“特殊的稅收制度安排”，包括了零關稅、低稅率、簡稅制，并要求按照海南自由貿易港建設的不同階段，分步驟實施，最終形成具有國際競爭力的稅收制度。
其中，對于貨物貿易，海南自由貿易港實行以“零關稅”為基本特征的自由化便利化制度安排。
進口關稅是指進口商品進入一國關境或從自由港、出口加工區、保稅倉庫進入國內市場時，由該國海關根據海關稅則對本國進口商所征收的一種關稅。近年來，中國已連續多次降低部分商品進口關稅，2018年11月1日起，我國關稅總水平降至7.5%。
除了法定關稅減免外，我國對關境內特定區域、特定行業或者有特定用途的進出口貨物減免關稅。比如，在海關特殊監管區域內，境外貨物入區實行保稅或免稅。
海南自由貿易港實行的零關稅，是全島封關運作前，對部分進口商品，免征進口關稅、進口環節增值稅和消費稅。全島封關運作、簡并稅制后，對進口征稅商品目錄以外、允許海南自由貿易港進口的商品，免征進口關稅。
更進一步，《總體方案》明確了零關稅的范圍：除法律法規和相關規定明確不予免稅、國家規定禁止進口的商品外，對企業進口自用的生產設備，實行“零關稅”負面清單管理;對島內進口用于交通運輸、旅游業的船舶、航空器等營運用交通工具及游艇，實行“零關稅”正面清單管理;對島內進口用于生產自用或以“兩頭在外”模式進行生產加工活動(或服務貿易過程中)所消耗的原輔料，實行“零關稅”正面清單管理;對島內居民消費的進境商品，實行正面清單管理，允許島內免稅購買。對實行“零關稅”清單管理的貨物及物品，免征進口關稅、進口環節增值稅和消費稅。
而且，清單內容并非固定不變，《總體方案》提出，由有關部門根據海南實際需要和監管條件進行動態調整。
相對于其他海關特殊監管區，胡怡建說，海南自由貿易港的零關稅范圍更擴大了，比如，對島內居民消費的進境商品，實行正面清單管理，允許島內免稅購買。
陳波也表示，海關特殊監管區內的零關稅只是對于加工貿易的中間產品零關稅，對于其他貨物是保稅模式。另外，由于許多保稅區的面積有限，一些設備需要在大型廠房里使用，而這些大型的廠房可能沒辦法全部放在保稅區里，一旦在區外就要繳納關稅。“但是在海南就不存在這個問題了。”
而且，《總體方案》提出，對實行“零關稅”清單管理的貨物及物品，免征的不僅是進口關稅，還包括進口環節增值稅和消費稅。
“很多情況下，進口環節增值稅和消費稅要比進口關稅要高很多。”陳波說。
除了境外貨物經一線進入自由貿易港免征進口關稅，部分經“二線”進入內地的貨物也可以免征進口關稅。
《總體方案》提出，對鼓勵類產業企業生產的不含進口料件或者含進口料件在海南自由貿易港加工增值超過30%(含)的貨物，經“二線”進入內地免征進口關稅，照章征收進口環節增值稅、消費稅。
15%企業所得稅率
除了零關稅，在海南自由貿易港實質經營的企業，實行企業所得稅優惠稅率。對符合條件的個人，實行個人所得稅優惠稅率。
具體而言，對注冊在海南自由貿易港并實質性運營的鼓勵類產業企業，減按15%征收企業所得稅。對在海南自由貿易港設立的旅游業、現代服務業、高新技術產業企業，其2025年前新增境外直接投資取得的所得，免征企業所得稅。對企業符合條件的資本性支出，允許在支出發生當期一次性稅前扣除或加速折舊和攤銷。
個人可享受到的稅收優惠，是指在海南自由貿易港工作的高端人才和緊缺人才，其個人所得稅實際稅負超過15%的部分，予以免征。享受這一優惠政策的高端人才和緊缺人才，實行清單管理。
“這就有了可以和新加坡等地相比，有國際競爭力的稅制安排。”胡怡建說，而且覆蓋區域面積更大。
陳波認為，只有通過特殊的稅收政策和產業政策，集聚了產業和人才，才能形成制度的高地。
此前上海自貿試驗區臨港新片區提出，對新片區內符合條件的從事集成電路、人工智能、生物醫藥、民用航空等關鍵領域核心環節生產研發的企業，自設立之日起5年內減按15%的稅率征收企業所得稅。
此外，海南自由貿易港還提出簡稅制，也就是要結合我國稅制改革方向，探索推進簡化稅制。改革稅種制度，降低間接稅比例，實現稅種結構簡單科學、稅制要素充分優化、稅負水平明顯降低、收入歸屬清晰、財政收支大體均衡。
“可能對今后我國的稅制改革起到示范，之后進一步擴大實施范圍。也就是說，海南自由貿易港可以起到制度性先行先試的作用。”胡怡建說。